La cittadina di Citerna fu fondata dagli Umbri e subito dopo dagli Etruschi, il suo territorio fu molto popolato, dato la posizione ottimale, anche in età romana come possiamo dedurre dai ritrovamenti di fittili e monete avvenuti specialmente tra S. Fista e Pistrino.
Anticamente conosciuta con il nome di Monte Albano prese l’attuale nome nel X-XI secolo probabilmente con la costruzione del castello, per la presenza di serbatoi idrici, cisterne, esistenti sul luogo dove fu edificata la cittadina
Sopravvissuta al crollo dell’impero romano, nel VII secolo Citerna fu insediamento Longobardo e dopo la loro sconfitta divenne dominio dei Marchesi di Santa Maria Tiberina e dei signori del luogo, i Da Citerna.
A questi ultimi si unirono i Da Montauto che governarono insieme fino al 1221.Fu feudo della potente famiglia dei Marchesi del Colle dopo di che si mise sotto la protezione di Città di Castello.
Nel 1310 fu sottomessa dalla potente famiglia dei Tarlati di Pietramala e vi rimase sino al 1340, poi assieme a Città di Castello richiese la protezione dei perugini
Fu di nuovo governata dai Pietramala e poi dai Malatesta finché nel 1463 passò allo Stato Pontificio.
Agli inizi del 1500 Citerna fu data in vicariato alla famiglia Vitelli di Città di Castello che con alterne vicende e dopo averla arricchita di monumenti e opere d’arte, la tenne fino alla fine del secolo.
Dopo che i Vitelli lasciarono il governo di Citerna questa fu riassorbita nella vita monotona di tanti altri piccoli paesi dello Stato Pontificio.
Nel 1619 e nel 1630 si ebbero in Citerna due grandi pestilenze che provocarono numerose vittime e ridussero il territorio in estrema miseria.
Nel 1849 ospitò Garibaldi mentre si ritirava verso Ravenna e nel 1860 prima di tutte le città umbre entrò a far parte del Regno d’Italia.
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