San Giustino posto all’estremità settentrionale della Valtiberina al confine con la Toscana, fu antico centro umbro.
In epoca romana il territorio era densamente popolato e l’antica Melisciano, oggi San Giustino, data la sua posizione strategica era già in quell’epoca un castrum.
Resti di antiche ville romane si trovano quasi dappertutto sul territorio dove dimorò anche Plinio il Giovane. Melisciano prese il nome di San Giustino quando nel 303 d.C nei pressi di Città di Castello venne martirizzato un soldato romano di nome Giustino perché scoperto a diffondere il Cristianesimo.
Questo nome comparirà per la prima volta in un diploma di Corrado il Salico nel 1027.Nel 1109 sulle colline prospicienti la pieve sorgeva il castello di Castiglione su cui vantava diritto di proprietà Federico Barbarossa, dopo la distruzione del castello alla fine del 1200 divenne fortilizio a difesa della vallata il Palazzo dei Dotti dal nome della casata di San Sepolcro che lo dominò fino al secolo XV.
Durante le lotte tra San Sepolcro e Città di Castello per il controllo della valle i tifernati assunsero il controllo del castello di san Giustino e lo affidarono a Niccolò Bufalini con il compito di ricostruirlo e trasformarlo in fortezza.
Il complesso fu costruito tra il 1480 e il 1492 come fortezza militare a forma di quadrato irregolare con torri angolari unite da cammini merlati ed un profondo fossato.
In seguito venne ristrutturato dal Vasari che ne fece una lussuosa villa fortificata. Con i Vanvitelli il castello fu ulteriormente fortificato anche perché Perugia e San Sepolcro pressavano sempre più da vicino il territorio di San Giustino.
Dopo alterne vicende nel XVI secolo la cittadina passò sotto il potere della Chiesa che nel 1817 concesse l’autonomia, tale decisione fu ratificata nel 1828 da papa Leone XII che lo dichiarò ” comune indipendente ed autonomo” e così rimase anche quando entrò a far parte del Regno d’Italia.
